Winfried Bönig ist seit 2001 Domorganist am Kölner Dom und damit künstlerisch verantwortlich für eine der bedeutendsten Orgelanlagen Europas. Bereits seit 1998 leitet er als Professor den Studiengang Katholische Kirchenmusik an der Hochschule für Musik und Tanz Köln, mit dem Schwerpunkt künstlerisches Orgelspiel und Improvisation.
Geboren in Bamberg, erhielt Bönig mit dreizehn Jahren seinen ersten Orgelunterricht bei Wolfgang Wünsch, dem damaligen Domorganisten seiner Heimatstadt. 1978 wurde er in die renommierte Orgelklasse von Franz Lehrndorfer an der Musikhochschule München aufgenommen, wo er mit Auszeichnung abschloss.
Neben dem Orgelstudium absolvierte er ein Dirigierstudium und erhielt das Meisterklassendiplom. Ergänzend studierte er an der Universität Augsburg Musikwissenschaft, Geschichte und Musikerziehung. Seine Dissertation über die süddeutsche Kantate zur Bach-Zeit wurde 1992 veröffentlicht und erschloss einen bis dahin wenig beachteten Bereich der protestantischen Kirchenmusik.
Seine künstlerische Laufbahn begann Winfried Bönig in Memmingen, wo er von 1984 bis 1998 als Organist und Dirigent an der Stadtpfarrkirche St. Josef wirkte. Für seine Verdienste wurde ihm 1995 der Kulturpreis der Stadt Memmingen verliehen.
Als international gefragter Konzertorganist gastiert Bönig regelmäßig auf bedeutenden Festivals und bei Orgelweihen rund um den Globus, unter anderem in China, Russland und Spanien. Seine Diskographie umfasst zahlreiche Einspielungen, darunter bedeutende Aufnahmen der Orgeln im Kölner Dom.
Neben seiner Tätigkeit als Organist widmet sich Winfried Bönig regelmäßig dem Dirigieren, unter anderem im Rahmen von Aufführungen mit Orchester, Chor und Orgel.