Von 2003 bis 2004 leitete er die fränkische Diözese übergangsweise, bis Friedhelm Hofmann zum Nachfolger von Bischof
Paul-Werner Scheele ernannt wurde.
Bauer empfing 1957 die Priesterweihe und war danach 20 Jahre als Erzieher und Direktor in den Bischöflichen Knabenseminaren in Würzburg und Königshofen tätig. 1983 wurde er in Würzburg Dompfarrer, fünf Jahre später schließlich Weihbischof.
Leitung der Abteilung Kirchenmusik
Lange leitete Bauer die Abteilung Kirchenmusik im Bischöflichen Ordinariat und trug auch die Verantwortung in diesem Bereich in der Deutschen Bischofskonferenz. Er hatte den Vorsitz der Arbeitsgemeinschaft Ökumenisches Lied und der Ständigen Kommission für das Gesangbuch "Gotteslob" inne.
Außerdem war Bauer als Weihbischof zwölf Jahre lang Vorsitzender der Ökumenekommission der bayerischen Bischöfe und vertrat mehrere Jahre die Freisinger Bischofskonferenz in der Arbeitsgemeinschaft christlicher Kirchen in Bayern.
Bistum Würzburg
Dr. Franz Jung ist der 89. Bischof von Würzburg auf dem Stuhl des heiligen Burkard und direkter Nachfolger von Bischof Dr. Friedhelm Hofmann, der das Bistum Würzburg von 2004 bis 2017 leitete. Zur langen Liste von Würzburger Oberhirten, die seit der Gründung des Bistums im Jahr 742 an der Spitze der Kiliansdiözese standen, gehören die heiligen Bischöfe Bruno und Adalbero, bekannte Fürstbischöfe wie Julius Echter von Mespelbrunn, die Schönbornbrüder oder Franz Ludwig von Erthal sowie Hirten des 20. Jahrhunderts wie Matthias Ehrenfried, der spätere Kardinal Dr.
