Er starb bereits am Montag im Alter von 88 Jahren, wie aus einer Traueranzeige im Bonner "General-Anzeige" (Samstag) hervorgeht. Der Franziskaner wurde demnach am Freitag in Fulda beigesetzt. "An der Seite der Armen - so werden wir Pater Andreas Müller stets in lebhafter Erinnerung behalten", schrieb das Hilfswerk in der Anzeige.
1969 gründete er Missionszentrale
Der aus dem Landkreis Sigmaringen stammende Ordensmann gründete 1969 die Missionszentrale der Franziskaner in Bonn, der er bis 2002 vorstand. Die Einrichtung hat nach ihren Angaben seit Gründung mit mehreren 100 Millionen Euro Projekte in rund 60 der ärmsten Länder gefördert.
Müller war unter anderem Vorsitzender der "Arbeitsgemeinschaft der Prokuratorinnen und Prokuratoren der missionierenden Orden" in Deutschland und Mitglied im Vorstand des Internationalen Instituts für missionswissenschaftliche Forschungen. Von 2002 bis 2010 wirkte er als Geschäftsführer des Internationalen Fernkurses für Franziskanische Spiritualität (CCFMC).