Thomas Antkowiak war von 2006-2023 Geschäftsführer des katholischen Werks für Entwicklungszusammenarbeit MISEREOR in Aachen. Dort war der Jurist verantwortlich für die Hauptabteilung Interne Dienstleistungen bei Misereor, in der die Bereiche Personal, Finanzen und Verwaltung zusammengefasst sind. Zu seinem Aufgabengebiet gehörten diverse Außenvertretungen. So fungierte er unter anderem als Vorsitzender der Gesellschafterversammlung des Fair-Handelshauses GEPA und als stellvertretender Vorsitzender des Vereins AGIAMONDO, dem Personaldienst der deutschen Katholikinnen und Katholiken für internationale Zusammenarbeit.
Antkowiak ist Mitglied im Zentralkomitee der deutschen Katholiken und im Vorstand der Arbeitsgemeinschaft der Katholischen Organisationen Deutschlands. Er gehörte der Synodalversammlung an, die den Reformprozess in der katholischen Kirche in Deutschland gestaltet. Der 67-Jährige übergab die Nachfolge an Annette Ptassek.