Bekannt wurde Pater Knauer vor allem durch seine ökumenische Fundamentaltheologie. Für ihn stand das heutige Christentum erst an seinem Beginn. Knauer sagte: Wenn man die christliche Botschaft nach ihrem genauen Sinn befrage, erweise sie sich als einfachhin überzeugend, als ein Wort, auf das im Leben und Sterben Verlass sei, so Knauer.
Knauer machte 1953 das Abitur in Berlin und trat in die Ostdeutsche Provinz der Gesellschaft Jesu ein. Von 1955 bis 1959 studierte er an der Philosophischen Fakultät Berchmanskolleg Pullach und schloss mit dem Lizentiat der Philosophie ab.
Es folgte ein Studium an der Theologischen Fakultät der Gesellschaft Jesu, Section S. Albert, in Leuven (Belgien) mit dem Lizenziat in Theologie. 1964 wurde Knauer in Brüssel zum Priester geweiht.
Von 1966 bis 1969 promovierte er an der Universität Münster mit der Dissertation "Verantwortung des Glaubens – Ein Gespräch mit Gerhard Ebeling aus katholischer Sicht" (Frankfurt, 1969). Seit 1969 war Knauer Lehrbeauftragter für Fundamentaltheologie an der Philosophisch-Theologischen Hochschule Sankt Georgen in Frankfurt am Main.
1977 habilitierte er in Dogmatischer Theologie mit der Arbeit "Der Glaube kommt vom Hören – Ökumenische Fundamentaltheologie" (Graz, 1978). Pater Knauer wirkte 34 Jahre als Professor für Fundamentaltheologie in Sankt Georgen. 2003 wurde er emeritiert.
Danach war er im Foyer Catholique Européen, einem Gemeindezentrum für EU-Mitarbeiter, und im Jesuit European Social Center (JESC) in Brüssel tätig. Ungefähr fünfzehn Jahre arbeitete Knauer an einer möglichst genauen Übersetzung des Neuen Testaments. Seine Lieblingsstelle in der Bibel war: Psalm 23, "Mein Hirt ist Gott der Herr“, weil er den Glauben zusammenfasse und sowohl an hellen wie an dunklen Tagen gelte.
Knauer starb am 21. Juli in Berlin im Alter von 89 Jahren.
