Johannes Willibrordus Maria Hendriks wurde 1954 im niederländischen Leidschendam geboren. 1973 machte er sein Abitur, anschließend studierte er an der Katholischen Theologischen Hochschule in Amsterdam und am Grootseminarie Rolduc in Kerkrade. Dort schloss er auch seine priesterliche Ausbildung ab.
Am 24. März 1979 wurde er zum Diakon geweiht und am 29. September 1979 in der Rotterdamer Kathedrale zum Priester. Hendriks studirte von 1981 bis 1986 an der Päpstlichen Gregoriana-Universität in Rom, wo er 1983 das Lizenziat in Kanonischem Recht erwarb. 1984 erhielt er das Diplom in Jurisprudenz und 1986 promovierte er summa cum laude zum Doktor in Kanonischem Recht. Er war auch als Dozent an verschiedenen Priesterausbildungen tätig.
Hendriks hatte verschiedene kirchliche Ämter inne, darunter war er Rektor des Grootseminarie De Tiltenberg. 2011 wurde er zum Hilfsbischof des Bistums Haarlem-Amsterdam und zum Titularbischof von Arsacal ernannt. Im Folgejahr wurde er Generalvikar des Bistums.
Hendriks war auch in der kirchlichen Rechtsprechung tätig und wurde 2017 von Papst Franziskus zum Richter an der Apostolischen Signatur, der höchsten kirchlichen Gerichtsbarkeit in Rom, ernannt.
2018 wurde er zum Apostolischen Visitator des Monasteriums in Halle (Belgien) und im daraufolgenden Jahr zum Apostolischen Visitator der Brüder der Liebe in Belgien ernannt. In der Zeit wurde Hendriks auch zum Bischofskoadjutor. Am 1. Juni 2020 trat er sein Amt als Bischof an.
Hendriks hat viele Bücher und Artikel veröffentlicht, insbesondere zu Themen der Spiritualität, des Kanonischen Rechts und des Zweiten Vatikanischen Konzils.