Aufgewachsen im kleinen Dorf Dichtelbach im Hunsrück absolvierte Jochen Wagner nach Abitur und Zivildienst eine Lehre als Steuerfachangestellter. Es folgte ein Praktikum in der Westend-Mennonite Church Lancaser, PA und danach das Studium der Evangelischen Theologie in Ewersbach, Marburg und Mainz. Zwei Semester lang studierte Jochen Wagner auch Katholische Theologie.
Von 2007 bis 2012 war Wagner Pastor in Dautphe (Mittelhessen). In dieser Zeit erfolgte auch die Promotion mit einer neutestamentlichen Arbeit zur Ämterfrage. Seit 2012 ist Jochen Wagner Pastor der Freien evangelischen Gemeinde Kirchberg (Rheinland-Pfalz). 2019 erhielt er den internationalen Menno-Simons-Predigtpreis. Ein großes Anliegen ist Pastor Wagner die Ökumene. 2014 bis 2020 war er Vorsitzender der Arbeitsgemeinschaft Christlicher Kirchen (ACK) Region Südwest (Rheinland-Pfalz und Saarland). Seit 2020 ist er freikirchlicher Referent in der Ökumenischen Centrale des ACK.
Auf die Frage, wem er gerne einmal persönlich begegnen würde, antwortet Jochen Wagner mit Dietrich Bonhoeffer. Er würde sich für das Gedicht "Von guten Mächten" bedanken und fragen, wie er die Rede vom "religionslosen Christentum" gemeint hat.