Frank Müller wurde in Bonn geboren und studierte nach seinem Abitur ebendort Theologie, Philosophie, Geschichte und Musikwissenschaft. Ein Auslandsjahr verbrachte er in Fribourg in der Schweiz. Die ersten Jahre als Kaplan verbrachte Müller nach seiner Priesterweihe in Köln-Dellbrück und wirkte gleichzeitig als Religionslehrer in Köln-Nippes.
Anschließend arbeitete er als Schulseelsorger am Kardinal-Frings-Gymnasium in Bonn-Beuel und wirkte als Subsidiar in St. Cäcilia in Bonn-Oberkassel. Danach verschlug es den Bonner nach Düssldorf, wo er als Hochschulpfarrer für die Universität und die Hochschulen zuständig war.
2005 wurde Müller leitender Pfarrer an St. Agnes, St. Kunibert und St. Ursula in Köln, die 2010 zur Gemeinde St. Agnes fusioniert sind. Im Nebenamt war Pfarrer Müller Geistlicher Beirat der Vinzenzkonferenzen Deutschlands und in verschiedener Weise für den Borromäusverein tätig. Ferner zählt er zum Vorstand des SKM-Bundesverbandes.
Erzbischof Rainer Maria Kardinal Woelki ernannte Pfarrer Frank Müller 2018 zum neuen Diözesan-Caritaspfarrer für das Erzbistum Köln. Dort kümmerte sich der Geistliche um alle Belange in der Seelsorge. Dem Kölner Karneval war Pfarrer Müller als Regimentspfarrer des "Treuen Husar" e.V. Köln von 1929 verbunden.
Pfarrer Frank Müller verstarb am 6. August 2025 in Köln nach langer, schwerer Krankheit.
