Der gebürtige Garmisch-Partenkirchener besuchte das Benediktinergymnasium Ettal und studierte danach an der Universität Augsburg Philosophie und Theologie. Nach seiner Priesterweihe am 04.05.1997 wirkte Florian Wörner zunächst als Aushilfspriester und dann als Kaplan in Oberstdorf und Kempten.
2006 wurde er Diözesanjugendpfarrer sowie Leiter der Abteilung Bischöfliches Jugendamt und half als Subsidiar in der Pfarreiengemeinschaft Ustersbach. Drei Jahre später wurde Wörner zum Domvikar ernannt und leitete ab 2012 das Institut für Neuevangelisierung. Im selben Jahr wurde er zum Weihbischof der Diözese Augsburg und zum Titularbischof von Gerpiniana (Hierpinianensis) im heutigen Tunesien ernannt und empfing am 28. Juli die Bischofsweihe. Sein Wahlspruch lautet: CHRISTUS DEI VIRTUS ET DEI SAPIENTIA – Christus, Gottes Kraft und Gottes Weisheit (Kor 1,24).
Seit 2014 ist Weihbischof Wörner Beauftragter der Freisinger Bischofskonferenz für Jugendseelsorge und kirchliche Jugendverbände in Bayern. In der Deutschen Bischofskonferenz ist er Mitglied der Jugendkommission und der Kommission für Erziehung und Schule.
Zu seinen Privatbeschäftigungen gehören Volksmusik (Zitherspiel), Wandern, Ski Alpin, Langlauf und Lesen.