In den Orden trat Bernhard Heindl 1993 ein. Von 2011 bis 2014 war Heindl für die Berufungspastoral und die Ausbildung der Societas Jesu in Deutschland verantwortlich; davor, von 2005 bis 2011, war er Leiter der Katholischen Glaubensinformation Berlin. Ihn fasziniert, als Geistlicher Begleiter und auch als Exerzitienleiter zu erleben, wie Gott sich im Leben der Einzelnen zu erkennen gibt, wie er ruft, lockt, begleitet, mitgeht.
Ab 2014 war Pater Heindl sieben Jahre lang als Spiritual und Priesterseelsorger am Kleinen Michel in Hamburg tätig. Im Frühjahr 2021 zog er nach Innsbruck um und arbeitete als Rektor der Jesuitenkirche. Seit Herbst 2024 arbeitet Pater Heindl in der Jesuitenkirche St. Michael in München in der Glaubensorientierung und begleitet Exerzitienkurse.
Für seinen Beruf entschied sich der gebürtige Oberfranke insbesondere wegen der Spiritualität des Gründers der Jesuiten, Ignatius von Loyola – "Gott suchen und finden in allen Dingen“ ist ein wichtiger Grundzug dieser Spiritualität. Ein Wunsch-Traum von Pater Heindl: Japan bereisen, um so die Ästhetik, den Purismus sowie die Esskultur des asiatischen Landes einmal live und in Farbe zu erleben. Auch sein zweiter Wunsch ist noch unerfüllt: ein Fallschirmsprung.
