ZdK-Präsidentin Irme Stetter-Karp würdigte Meyer als Glücksfall für die Kirche in Deutschland. Mit seiner ostdeutschen Biografie habe er maßgeblichen Einfluss auf das Zusammenwachsen der Katholiken in Ost und West gehabt.
"Er verstand es, Lebenswelten zusammenzuführen und mit brillanten Analysen der deutsch-deutschen Wirklichkeit für ein wechselseitiges Verstehen zu werben." Als katholischer Präsident des Ersten Ökumenischen Kirchentag 2003 in Berlin habe er zudem ökumenische Zeichen gesetzt.
"Wie gut es Hans Joachim Meyer verstand, dem Katholischen eine politisch relevante Stimme in der Gesellschaft zu geben, sahen viele Menschen im Jahr 1999. Im Konflikt mit Rom um die Schwangerenkonfliktberatung in Deutschland stand er hinter der Gründung des Beratungsvereins Donum Vitae", sagte Stetter-Karp. Dafür sei er bereit gewesen, den Konflikt mit Bischöfen und Kardinälen auszuhalten und auszutragen.