Hans Joachim Meyer wurde in Rostock geboren. Von April bis Oktober 1990 war er letzter Minister für Bildung und Wissenschaft der DDR unter Lothar de Maiziere (CDU) und nach der deutschen Wiedervereinigung von 1990 bis 2002 Sächsischer Minister für Wissenschaft und Kunst.
Schon früh engagierte sich Meyer zu DDR-Zeiten in der katholischen Kirche. In den 1970er Jahren gehörte der Professor für Sprachwissenschaft der Dresdner Pastoralsynode an. Nach der Wende wurde er Vorsitzender des "Gemeinsamen Aktionsausschusses katholischer Christen in der DDR" und ins ZdK berufen.
Das ZdK führte Meyer von 1997 bis 2009. Er war der erste Ostdeutsche in dieser Position. Zudem gehörte Meyer zu den Gründern der Katholischen Akademie in Berlin.
Zuletzt war er der prominenteste Gegner des Umbaus der Berliner Sankt-Hedwigs-Kathedrale. Er bezeichnete das Gotteshaus mit der ungewöhnlichen zentralen Bodenöffnung und Treppe zur Unterkirche als ein "Denkmal der liturgischen Erneuerung", das beim Wiederaufbau der kriegszerstörten Kathedrale um 1960 geschaffen wurde. Meyers Kritik an der Schließung der Bodenöffnung fand in der Bistumsleitung jedoch kein Gehör.