Mit der Verfestigung der deutschen Teilung nach dem Mauerbau 1961 wird die Teilnahme der ostdeutschen Bischöfe an den Vollversammlungen der Deutschen Bischofskonferenz durch die Behörden der DDR verhindert.
Die pastoralen Erfordernisse führen zu eigenen Versammlungen der Bischöfe der DDR - zunächst unter dem Namen "Berliner Ordinarienkonferenz" - und 1976 zur Errichtung der "Berliner Bischofskonferenz".
Ausdrücklich wird betont, dass ihre Errichtung keine Anerkennung der deutschen Teilung bedeute. Beide Konferenzen wurden durch Dekret des Heiligen Stuhls vereinigt. Es gibt nur noch die "Deutsche Bischofskonferenz".
Nach ihrem Votum für Bonn als Standort ihres Sekretariats entschied die Deutsche Bischofskonferenz, das bisher von ihr genutzte Bürogebäude durch einen bedarfs- und funktionsgerechten Neubau zu ersetzen. Das neue Gebäude wurde so konzipiert, dass alternative Nutzungskonzepte wie Kombibüro, Gruppenraum und Business-Club möglich sind.
80% der Mitarbeiter und Mitarbeiterinnen sind Referenten, für deren Arbeit Ungestörtheit und Konzentration Voraussetzung sind. Diese Anforderungen und der geringe Bedarf an Kommunikation und teamorientiertem Arbeiten führten letztendlich zu der Entscheidung, moderne Zellenbüros zu realisieren.
Die Bauarbeiten begannen mit dem ersten Spatenstich durch Kardinal Lehmann im September 2002. Im Juli 2004 konnten die 130 Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter ihre Büros im Neubau beziehen.