Pfeiffer lehrte von 1973 bis 2009 Kunstgeschichte und Christliche Ikonographie an der Päpstlichen Universität Gregoriana in Rom, von 2014 bis 2017 an der Theologischen Fakultät in Palermo.
Der gebürtige Tübinger trat fünf Jahre nach seinem Abitur 1963 bei den Jesuiten ein. Nach Studien der Kunstgeschichte, Archäologie, Romanistik, Philosophie und Theologie in Tübingen, London, Florenz, Berlin, München, Rom und Basel wurde er 1969 in Berlin zum Priester geweiht.
Berater der päpstlichen Kommission für die Kulturgüter der Kirche
Pfeiffer machte sich nach Angaben seines Ordens durch Publikationen zu Raffael, der Sixtinischen Kapelle und der christlichen Ikonographie einen Namen. Von 1999 bis 2004 war er Berater der Päpstlichen Kommission für die Kulturgüter der Kirche.
Der Jesuit beschäftigte sich intensiv mit dem Turiner Grabtuch, dem Veronikabild und dem Schleier von Manoppello.
