Pater Stephan Kessler SJ ist in der saarländischen Gemeinde Schwalbach aufgewachsen. Mit 27 Jahren trat er in die Gesellschaft Jesu ein. Das Noviziat absolvierte er in Nürnberg, ein Philosophiestudium in München sowie theologische Aufbaustudien in Innsbruck schlossen sich an.
Nach seiner Promotion mit einer Arbeit im Bereich antiker christlicher Literatur und der Weihe zum Priester folgten Einsätze in der Jugendpastoral und in der Wissenschaft.
Ab 2001 war Kessler dann in der Ausbildung tätig, zuerst ordensintern als Ausbildungspräfekt, dann von 2005 bis 2016 als Regens des überdiözesanen Priesterseminars Sankt Georgen und Dozent der dortigen Hochschule in Frankfurt am Main.
Seit 2017 leitet er die Kunst-Station Sankt Peter Köln als Pfarrer und ist der Obere der Kölner Jesuitenkommunität Peter-Faber-Haus.