In der Freisinger Bischofskonferenz, historisch auch als Bayerische Bischofskonferenz bezeichnet, sind die Bischöfe der südbayerischen Erzdiözese München und Freising mit den Suffraganen Regensburg, Passau und Augsburg sowie die fränkische Erzdiözese Bamberg mit den Suffraganen Würzburg, Eichstätt und Speyer vertreten. Ihr Vorsitzender ist der Erzbischof von München und Freising (seit 2008 Erzbischof Reinhard Kardinal Marx),
Das Territorium der Diözese Speyer ist zwar heute Teil der Bundesländer Rheinland-Pfalz und Saarland, die Grenzen der Kirchenprovinz Bamberg sind jedoch seit 1920/1945 unverändert – mit der Ausnahme der Abtretung von thüringischen Gebieten des Bistums Würzburg an das Bistum Erfurt – weswegen die Pfalz aus Sicht des katholischen Kirchenrechts weiterhin ein Teil Bayerns ist. So gelten für die Bestellung des Bischofs von Speyer noch heute die Regularien des Bayerischen Konkordates.
Die Freisinger Bischofskonferenz hat die Aufgabe, gemeinsame pastorale Aufgaben zu fördern, die kirchliche Arbeit zu koordinieren sowie eine Plattform gegenseitiger Beratung zu bieten. Anders als die heutige Deutsche Bischofskonferenz hat sie keine Entscheidungsbefugnis.