Die Kölnische Rundschau bewertet die Entschuldigung folgendermaßen:
„Joachim Kardinal Meisner lässt sich richtigerweise nicht auf Ausreden wie „Missverständnis" oder „Einzelfall" ein. Er reagierte konsequent auf einen Vorgang, der die christliche Botschaft stärker verdunkelt, als alle von einem ultrakonservativen Internetsender erfundenen Schummeleien katholischer Klinikbetreiber bei der „Pille danach" es könnten. Dabei lässt der Kardinal allerdings keinen Zweifel an der katholischen Haltung zum Lebensschutz, die – wie er einräumt – geradezu unerträgliche Entscheidungssituation zur Folge haben kann. So oder so zeigt sich hier eine tiefe Verunsicherung kirchlicher Mitarbeiter. Auch sie verdunkelt die christliche Botschaft. Woher die Verunsicherung rührt, ist am Ende vielleicht die wichtigste Frage. Sie gilt auch dem Erzbischof. Denn mehr als manches ausgefeilte kirchenamtliche Rundschreiben hätten den Ärztinnen wohl das Augustinus-Wort geholfen „Liebe und tu, was du willst."
Die Frankfurter Allgemeine Zeitung geht ebenfalls auf die Verunsicherung der kirchlichen Mitarbeiter ein:
„Es grenzt an Verleumdung, kirchliche Einrichtungen dem Generalverdacht auszusetzen, sie verweigerten Vergewaltigungsopfern tätige Hilfe. Zu fragen wäre aber trotz der Entschuldigung des Kardinals, wie es um das Klima in katholischen Krankenhäusern bestellt ist, so dass es dazu kommen konnte, dass gegen Geist und Buchstabe der Vorgabe verstoßen wurde."
Ähnlich sieht das der Mannheimer Morgen:
"Hier rächt sich, dass die deutschen Bischöfe unter Papst Johannes Paul II. aus der Schwangerenkonfliktberatung aussteigen mussten - maßgeblich betrieben von Kardinal Meisner. Schon das Gespräch mit der vergewaltigten Frau hätte nämlich als Verstoß gesehen werden können - so die Furcht des Klinik-Personals. Dieses Klima der Unsicherheit und Angst nimmt den Krankenhaus-Mitarbeitern die Chance, mit Fingerspitzengefühl vorzugehen. Die Untersuchungen durchzuführen, ohne die Pille zu verschreiben, wäre ein Ausweg gewesen. Damit hätte die Kirche ihren Schutz des ungeborenen Lebens durchgehalten - und dem bereits geborenen nicht die nötige Hilfe versagt."
Die Süddeutsche Zeitung verteidigt die kirchlichen Krankenhäuser und lobt das Subsidiaritätsprinzip:
„Das sichert im guten Fall Pluralität, und kirchliche Krankenhäuser leisten gute Arbeit. Dass diese Einrichtungen ein eigenes Arbeitsrecht haben und dass katholische Kliniken keine Abtreibung vornehmen, ist – als Teil der Religionsfreiheit – durch die Verfassung gedeckt. Mutwillig zerstören sollte man dieses System nicht. Doch was, wenn das System hohl wird?“
fragt die Zeitung und findet folgende Antwort: „Es gibt keine Ewigkeitsgarantie dafür, dass katholische Einrichtungen in diesem System ihren Platz haben. Wer sich in die Sonderwelt zurückzieht, muss damit rechnen, auch als Sonderling behandelt zu werden."
Abschließend die Rheinische Post:
" Zum Kapitel 'Kirche, die Unvollkommene' zählt die medizinisch unethische und christlich unbarmherzige Abfertigung einer jungen Frau in Not, die nach einer Vergewaltigung in zwei katholischen Kliniken vergebens um gynäkologische Hilfe anfragen ließ. Nicht nur der Kölner Erzbischof empfindet das als beschämend. Etwas spät zwar, aber immerhin entschuldigte er sich für die Fehlleistung von Ärzten, die an einer katholischen Klinik wirken, aber für das Wesen christlicher Caritas offenbar blind waren. Erschreckend wäre, wenn die Ärzte im Vertrauen darauf gehandelt hätten, sie vollzögen kirchliches Recht. Die Kirche sollte eine feste Burg bleiben beim Kampf für Schutz des Lebens am Anfang und am Ende desselben. Aber nie darf sie ihren Caritas-Auftrag, ihren Dienst am Menschen verdunkeln."