Am 22. Februar 2010 erheben ehemalige Schüler Missbrauchsvorwürfe öffentlich gegen Patres in Kloster Ettal. Zwei Tage später tritt Abt Barnabas Bögle auf Druck der Münchner Bistumsleitung zurück. Ihm wird vorgeworfen, der seit 2002 existierenden Meldepflicht in einem Fall nicht nachgekommen zu sein. Aus demselben Grund legt weitere zwei Tage später Schulleiter und Prior Pater Maurus Kraß seine Ämter nieder. Die Staatsanwaltschaft nimmt Ermittlungen auf, stellt sie aber zum Großteil wegen Verjährung nach einigen Monaten ein. Auf Betreiben der Erzdiözese wird der Münchner Rechtsanwalt Thomas Pfister als Sonderermittler tätig.

Ergebnis des Abschlussberichts ist, dass über Jahrzehnte hinweg bis etwa 1990 Kinder und Heranwachsende "brutal misshandelt, sadistisch gequält und auch sexuell missbraucht wurden". Die Vorwürfe richten sich gegen 15 Patres. Die Zahl der Opfer soll weit über 100 liegen. 2011 zahlt die Abtei 70 ehemaligen Klosterschülern eine Gesamtsumme von 700.000 Euro zur Anerkennung ihres Leids. Das Institut für Praxisforschung und Projektberatung in München präsentiert 2013 eine wissenschaftliche Aufarbeitung der Missbrauchsfälle nach zweijähriger Forschungsarbeit mit dem Fazit: Obwohl es klare Hinweise auf sexuelle Missbrauchshandlungen einzelner Patres gab, sei das Kloster institutionell unfähig gewesen, sie abzustellen. (kna/Stand: 2015)