Berühmt wurde er als Cembalist und Komponist für Musik für Tasteninstrumente. Allerdings verfasste er auch andere Kammermusik, darüber hinaus Kantaten und Oratorien. In Musica gibt es die Vorstellung einer CD-Neueinspielung seines Oratoriums „Die Israeliten in der Wüste“.
„Er ist der Vater; wir sind die Bubn. Wer von uns was Rechts kann, hats von ihm gelernt.“ Niemand geringeres als Wolfgang Amadeus Mozart sagte diese Worte über Carl Philipp Emanuel. Ohnehin hatte Mozart gute Kontakte in die Bach-Familie, auch mit Carl Philipp Emanuels Bruder Johann Christian Bach. Von Mozart erklingt in der Sendung das Konzert Nr. 4 in D-Dur KV 218 für Violine und Orchester sowie das Divertimento in D-Dur K. 136/125a.