Von 1992 bis 1998 war Agustoni Leiter des höchsten Gerichts der katholischen Kirchen, der Apostolischen Signatur. Bis zuletzt behielt er seinen Wohnsitz in Rom in unmittelbarer Nachbarschaft zum Apostolischen Palast.
Nach Agustonis Tod beträgt die Zahl der Kardinäle 226. Von ihnen haben 120 das 80. Lebensjahr noch nicht vollendet und dürften somit an einer Papstwahl teilnehmen. Agustoni war der drittälteste Kardinal der Weltkirche.
Papst Franziskus würdigte den Verstorbenen in einem Beileidstelegramm als "aufrichtigen und pflichtbewussten Mitarbeiter des Heiligen Stuhls". Am Dienstag findet im Petersdom eine Messe für Agustoni statt, die von Kardinaldekan Angelo Sodano zelebriert wird. Anschließend spricht Franziskus ein Totengebet.
Frühe Priesterweihe
Am 26. Juli 1922 in Schaffhausen geboren, wurde Agustoni bereits mit 23 Jahren zum Priester geweiht. Auch zwei seiner vier Brüder - er hatte zudem noch eine Schwester - wurden Priester.
Im Alter von 27 Jahren trat Agustoni 1950 mit besonderer Genehmigung von Papst Pius XII. (1939-1958) in den Dienst des Heiligen Stuhls ein. Der spätere Kardinal Alfredo Ottaviani, der damals Assessor im Heiligen Offizium war, dem Vorläufer der heutigen Glaubenskongregation, hatte den für eine Tätigkeit in dieser Kurienbehörde außergewöhnlich jungen Priester angefordert.
Mitwirken an Liturgiereform
Nach dem Zweiten Vatikanischen Konzil (1962-1965) wirkte Agustoni als Berater an der Umsetzung der Liturgiereform mit. Von 1970 bis 1986 wirkte er als Richter an der Römischen Rota, die sich hauptsächlich mit Eheannullierungen befasst.
Anschließend wechselte er auf den zweithöchsten Posten in der vatikanischen Kleruskongregation. Die Kardinalswürde erhielt er 1994 von Papst Johannes Paul II. (1978-2005).