CSU-Chef Stoiber hat mit einer als Kritik an Ostdeutschland empfundenen Wahlkampf-Äußerung für Empörung gesorgt. Die „Leipziger Volkszeitung“ zitiert Stoiber mit den Worten, es könne nicht sein, dass der Osten entscheide, wer Kanzler werde. Es dürfe nicht sein, dass die Frustrierten über das Schicksal Deutschlands bestimmen.  CDU/CSU wiesen die aufkommende Kritik als bewusste Fehlinterpretation einiger SPD-Politiker zurück. Mit dem Wort „Frustrierte“ habe Stoiber die Spitzenkandidaten der Linkspartei, Lafontaine und Gysi, gemeint und nicht die Ostdeutschen. „Wir nehmen die Sorgen und Nöte der Menschen in den neuen Bundesländern sehr ernst. Wir wissen, dass wir ihnen Perspektive und Hoffnung geben müssen“ so CDU-Generalsekretär Volker Kauder. Günter Nooke, ostdeutscher Bundestagsabgeordneter der CDU, sieht in Stoibers Äußerungen einen Ansporn für ostdeutsche CDU-Wähler.